肾结核不是特殊病，肾结核致病菌往往来自于肺结核，在临床上可以出现腰疼、血尿，以及反复的泌尿系感染，有时会出现结核中毒症状。个别患者在肾结核的基础上合并细菌感染，引起白细胞增高、中性粒细胞增高等。
在临床影像学检查发现肾脏有破坏，可以出现输尿管扩张、肾盂积水，严重者可以导致肾结核钙化而自截。如果不进行及时治疗，可以出现肾功能减退以及血压增高等。