无孔隔膜多见于新生儿，表现为完全性幽门梗阻，生后不久即出现频繁的呕吐，呕吐物不含胆汁，往往有呼吸困难、发绀和流涎过多。有孔隔膜多见于儿童和成年人，根据隔膜孔径大小的不同，其梗阻的程度和发病早晚而各异，可能会并发胃梗阻、贫血等疾病。
一、典型症状
1、无孔隔膜：见于新生儿，表现为完全性幽门梗阻，生后不久即出现频繁的呕吐，呕吐物不含胆汁，往往有呼吸困难、发绀和流涎过多等现象。患儿出生后可排出少量胎便，但以后都无大便排出。体格检查可发现上腹部膨胀，可见胃中、下腹部平坦或凹陷呈舟状。
2、有孔隔膜：见于儿童和成年人，根据隔膜孔径大小的不同，其梗阻的程度和发病早晚而各异。病人多自出生后即有呕吐，呈间歇性发作，呕吐常发生在进食后，呕吐物多未消化，不含胆汁，病人常在进食后出现上腹部饱胀不适或上腹部疼痛等症状，往往在呕吐后症状缓解。病人常因食欲差而有体重不增或体重下降，如梗阻不严重，体格检查多无特殊发现。
二、其他症状
部分患者由于腹胀、腹痛、梗阻等症状不典型，而延误治疗。患者长期食欲减退、营养不良，容易出现面色苍白、头痛、头晕、眼花、注意力不集中、记忆力减退、活动后心悸、气短等症状。