嗜血细胞综合征的病因复杂，其发病机制不甚清楚，可能与基因缺陷、严重感染、变态反应以及恶性肿瘤有关。本病好发于有嗜血细胞综合征家族史人群、自身免疫缺陷人群，可由长期熬夜诱发。
一、主要病因
1、基因缺陷：是原发性嗜血细胞综合征的主要病因，基因缺陷所致遗传性免疫调节障碍，多为常染色体隐性遗传。
2、严重感染：病毒感染，如EB病毒、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒、水痘-带状疱疹病毒、肝炎病毒、腺病毒、微小病毒B19等，细菌感染包括革兰阳性、阴性球/杆菌等，这些感染均可导致本病的发生。
3、变态反应：继发于结缔组织病、药物过敏、皮炎性淋巴结病及某些疫苗接种反应。
4、恶性肿瘤：某些骨髓转移及无骨髓转移的恶性肿瘤，可出现反应性组织细胞增多现象。
二、诱发因素
长期熬夜会使身体免疫力降低，容易感染病毒，细菌。如果造成严重感染，可以导致本病发生。