食管反流的治疗包括一般治疗和药物治疗，一般治疗主要是指生活方式和饮食结构的改变，避免高糖、高脂的食物，并且在睡前两小时尽量不进食。忌辛辣、刺激的饮食，并且建议忌酒、戒烟，都有可能改善反流。如果夜间反流严重的，也可以把床头抬高10-20cm左右来防止夜间的反流。
药物的治疗主要包括两个药物，是促动力药和质子泵抑制剂。促动力药多包括多潘立酮和莫沙必利，质子泵抑制剂包括奥美拉唑、艾司奥美拉唑、兰索拉唑、泮托拉唑以及雷贝拉唑等。一般如果效果好，服用一周左右，症状就会有30%左右的缓解，一般建议6-8周的疗程。