治疗肺心病的药物包括控制感染的治疗，首先是抗生素的使用，头孢类抗生素、广谱的青霉素类抗生素、呼吸喹诺酮类。其次是要通畅呼吸道，改善呼吸功能，给予支气管舒张剂和祛痰剂药物的治疗，同时要纠正缺氧和二氧化碳潴留，给予无创正压通气，必要的时候要给予气管插管有创正压通气。如果患者喘促的明显，呼吸困难严重，同时给予激素的治疗。疾病的晚期患者通常会出现心衰、心功能不全，如食欲减退、明显的气短、夜间呼吸困难、腹胀这些症状，要给予适当的利尿剂，包括正性肌力药物的治疗，要防止患者出现并发症。