肛瘘不做手术，有可能会导致肛门周围皮肤潮湿、瘙痒，形成复杂性肛瘘，及肛门括约功能的障碍等后果，具体如下：
1、肛门周围皮肤潮湿、瘙痒：由于肛瘘不做手术并不会自愈，患者会出现肛门局部反复肿痛以及流脓症状。脓液会刺激肛门周围皮肤，而导致肛门周围皮肤潮湿、瘙痒等症状，也会增加肛门周围其他疾病的发生概率。
2、复杂性肛瘘：由于肛瘘无法自愈，瘘管内会出现反复感染，而一旦出现急性化脓性的感染，有可能会向瘘管其他正常组织破溃，从而将单纯性的肛瘘变成复杂性肛瘘，增加后期治疗的难度。
3、肛门括约肌功能的障碍：对于反复发作的肛瘘、范围比较广的肛瘘，有可能会造成患者肛门括约肌功能的障碍。另外，肛瘘瘘管局部反复的炎症刺激，也有可能导致局部组织出现变性，甚至恶变。