牙源性颌骨囊肿的病因比较复杂，被证明来源于原始的牙胚或牙板残余，当机体所处环境发生变化或者机体免疫系统出现异常时有可能患上本病。本病被认为主要与遗传因素和慢性刺激因素相关联，好发于口腔内有长期未治的残根、残冠患者。
一、主要病因
1、遗传因素：牙源性角化囊肿单发性囊肿属于良性肿瘤范畴，因为良性肿瘤患者多与家族易感性分不开，其表现可能为更易患上肿瘤类疾病，并不一定是某一种特定的肿瘤。而另一种类型多发性角化囊肿综合征，则已有研究证明存在家族阳性病史，被认为是染色体9q22.3位点突变引起的。
2、慢性刺激因素：口腔内残留的牙根、拔牙后残留在牙槽骨内的肉芽组织或者长期未经治疗的根尖周炎，也可以导致本病的发生。
二、诱发因素
1、精神因素：因为过于劳累或者精神长期压抑的人群，容易患上此病，主要可能是因为机体免疫系统出现障碍引起的。
2、内分泌因素：青壮年内分泌系统异常时可能出现本病，可能与细胞增生过于活跃或者免疫应答反应过激有关。
3、化学因素：吸烟和饮酒等不良嗜好，容易诱发本病，而且易出现恶变的可能。