细菌性结膜炎的并发症包括角膜穿孔、睑球黏连以及脑膜炎，具体如下：
1、角膜穿孔：超急性细菌性结膜炎病情进展迅速，约有15% -40%患者迅速引起角膜混浊、浸润，周边或中央角膜溃疡，若治疗不及时，几天后可发生角膜穿孔，严重威胁视力。
2、睑球黏连：是急性膜性结膜炎和假膜性结膜炎的常见并发症，严重病例球结膜面可有灰白色、黄色膜和假膜形成，坏死脱落后形成瘢痕而并发睑球黏连。
3、脑膜炎：常见于新生儿淋球菌性结膜炎，可由于炎症扩散而并发脑膜炎。