头部单纯糠疹以局部外用药治疗为主，酮康唑为抗菌药物，有效率极高，外用安全性高，可长期使用。但口服制剂安全性差，已经不用。另外，还可使用二硫化硒和中药辅助治疗。
一、药物治疗
1、角质层剥离剂：通过运用一些含有如硫磺、水杨酸、煤焦油等副作用不大的外用药物，将受损的角质层表皮细胞剥脱下来，从而减少头屑产生。
2、抗生素类：通过运用含抗生素类的外用洗剂，抑制或杀死与头皮屑有关的真菌和细菌达到治疗效果，如酮康唑和吡罗克酮乙醇胺盐。酮康唑有效率极高，外用几乎不被皮肤所吸收，安全性高，适合长期使用。此外己脒定二烃乙基磺酸盐、吡啶硫酮锌、氯咪巴唑等也是此类药物，在同类药物中，酮康唑去屑止痒作用最显着，毒性最低。
3、头皮细胞生长抑制剂：头皮细胞生长抑制剂通过对细胞复制的抑制作用，使细胞恢复正常再生循环周期长度，从而改善头屑问题，常用药物为二硫化硒，临床应用广泛，但去屑作用低于酮康唑，且有异味。
4、B族维生素：对于症状较轻患者，医生可能会开具一些如维生素B2、维生素B7等B族维生素进行辅助治疗。
二、手术治疗
该病暂无手术治疗。
三、中医治疗
对于头皮糠疹的治疗问题，中医治疗原则为清热除湿止痒，因此艾叶、苦参、蛇床子、白鲜皮、防风、桑叶、侧柏叶都是常用中药，剂型为外用洗剂为主。