舌下囊肿位于口腔底部，在舌系带的一侧，透明，略呈蓝色，内容物为无色的黏性液体。舌下囊肿有时很大，可经舌系带下扩展至对侧，亦可向口腔底深部扩展，突出到颏，将舌上抬，影响说话、进食，也可因损伤破裂，流出黏液而暂时消失，数日后又逐渐增大。
深在的囊肿表现为颌下或颏下的无痛性、柔软的肿物，可伴或不伴口底的肿物。浅在的囊肿位于口底的一侧，无痛并生长缓慢。大多数舌下囊肿较为表浅，位于舌系带与下颔骨之间的舌下区，如发展可延伸至颌下区及颏下区，当囊肿发展很大时还可将舌推向后上方，以至引起吞咽、语言及呼吸困难。如有继发感染时，可发生疼痛或全身症状。