低位简单肛瘘手术的复发率低于1%，复发的可能性比较小。由于低位简单肛瘘的瘘管比较明确，手术医生可以在肛门周围查体时摸及条索状的瘘管，可以通过瘘管明确内口的位置，所以手术时一般不会遗漏内口的处理，也不会导致术后的复发。
但是术后患者需要及时或者定时去医院换药、复诊，因为有些肛瘘如果在其切口内的肉芽还没生长时出现表面皮肤的愈合，就有可能会导致假性愈合而引起肛瘘的复发。另外肛瘘患者还需要注意术后的饮食，要保持大便通畅，便后要注意切口的清洁与消毒。