中医治疗肛瘘最好的方法主要还是应用中医外治法，也就是采用擦药的托管疗法或者挂线疗法，另外还可以配合中药的熏洗疗法、外敷法等。
肛瘘属于感染化脓性质的疾病，一般是由于肛门周围的脓肿发生了自行溃破，在溃破之后遗留下了管道以及外口，主要是通过肛门局部检查进行诊断，特别是一些高位的复杂性质肛瘘，目前在临床上还会较多地采用中医传统的挂线疗法，主要目的是最大程度地保护肛门括约肌的功能，避免在手术以后出现肛门失禁的情况。另外，一些肛瘘还可以采用除疤、拔管以及拔毒生肌等中医药的治疗方法，均可以起到良好的治疗效果。