幼年类风湿关节炎的治疗主要以控制病变活动度，减轻或消除关节症状，预防残疾为主。本病需长期持续治疗，包括一般治疗、药物治疗、手术治疗、康复理疗、中医治疗。患者定期入院进行复诊，评估疾病进展或恢复情况。
一、一般治疗
1、急性期主张患儿卧床休息，稳定期鼓励患儿参加适当的运动。
2、定期进行裂隙灯检查以发现虹膜睫状体炎。
二、药物治疗
1、非甾体抗炎药：首选肠溶阿司匹林，具有解热、镇痛、抗炎的作用，因本药不良反应较多，使用时需监测药物浓度。不良反应包括胃肠道反应、肝肾功能损害、过敏反应等。此外，还包括布洛芬、消炎痛、痛灭定等。
2、抗风湿药：在患者尚未发生骨侵蚀或关节破坏时及早使用本类药物可以控制病情加重，包括羟氯喹、柳氮磺吡啶，注意药物不良反应，羟氯喹不良反应有视网膜炎、白细胞减少、肌无力和肝功能损害；柳氮磺吡啶不良反应有恶心、呕吐、哮喘、贫血、骨髓抑制和不育症。
3、肾上腺皮质激素：该药可减轻幼年类风湿关节炎的症状，但不能阻止关节破坏，一旦停药将会严重复发。而且长期使用不良反应较大，如满月脸、继发性高血压、高血糖等。因此，糖皮质激素不作为首选或单独用于治疗幼年类风湿关节炎。
4、免疫抑制剂：全身症状严重及进展性关节炎患者，对阿司匹林及其他非固体类抗炎药物未见疗效，可试用免疫抑制剂，如硫唑嘌呤、氨甲蝶呤。服药半年全身型患儿会退热，关节症状可改善。
5、其他：还可使用丙种球蛋白静脉滴注，若出现虹膜睫状体炎应进行散瞳，局部应用地塞米松滴剂。
三、手术治疗
1、早期治疗：早期治疗与类风湿类似，但幼年类风湿关节炎患儿的骨尚处于发育阶段，关节长期非功能位固定会导致骨畸形发育，对日后手术矫形极为不利。因此，早期应尽量维持病变关节于功能位。晚间用夹板使病变固定在功能位，防止关节挛缩，白天应去夹板行理疗及适度功能锻炼，防止关节僵直。
2、中晚期治疗：
（1）滑膜切除术：一旦患儿关节肿胀无法自行缓解或药物不能控制，病情进展迅速，即应手术切除滑膜，避免关节软骨进一步破坏。切除滑膜的最常见也是最有效的部位是膝关节，不仅能保护膝关节受进一步的侵害，还可因切除了全身近一半的滑膜(双膝)，从而改善全身症状。滑膜切除也可用于手、腕部诸关节，但目前已不常用。
（2）骨骺融合术：用于治疗幼年类风湿关节炎引起的下肢不等长，由于患肢受炎症刺激而生长较健侧快，手术将患侧融合，从而延缓患肢生长发育，达到双下肢等长。由于很难准确预测骨生长速度，而且目前肢体延长术已日趋成熟，所以该手术已不常用。
（3）关节置换术：由于人工关节假体存在磨损、松动、感染、影响骨骼发育等一系列问题，对年幼患者实施人工关节置换一定要严格掌握适应症。主要用于严重畸形和功能障碍而软组织松解、截骨术、滑膜切除术等不能解决问题时。主要手术为人工髋关节置换术、人工膝关节置换术。
四、中医治疗
中药提纯质剂白芍苷治疗幼年类风湿关节炎有一定疗效。
五、其他治疗
康复理疗：对保持关节活动肌力强度是极为重要，幼年类风湿关节炎患儿应尽早开始进行保护关节活动，以及维持肌肉强度的锻炼，有利于防止发生或纠正关节残疾。