食管念珠菌感染主要病因为人体免疫力低下或者大量使用抗生素，念珠菌存在于正常人体的黏膜和表面，当人体免疫力低下或者大量使用抗生素导致其他菌群失调导致念珠菌大量繁殖，并且随着唾液进入食管繁殖导致感染，总体来说好发于个人自身免疫力低下，既往有食管方面的疾病的患者，药物因素自身免疫力因素可以诱发疾病。
一、主要病因
1、念珠菌口腔感染：念珠菌口腔感染会使念珠菌随着唾液进入食管进而感染食管。
2、药物因素：大量的抗生素的使用以及类固醇激素的治疗导致患者体内菌群失调，念珠菌大量繁殖导致感染食管。
3、自身免疫力：自身免疫力低下，导致免疫系统不能及时消灭多余增生的念珠菌，从而导致念珠菌大量增生。
4、既往存在食管方面的疾病：慢性食管炎，以及食管溃疡食管癌，表面黏膜受损，易感染念珠菌。
5、局部组织的损伤：腐蚀性食管损伤、贲门失驰缓症、放射治疗后食管损伤、鼻胃管插入、胃潴留等。
二、诱发因素
抗生素的滥用导致人体内菌群失调，念珠菌大量繁殖，进而导致食管念珠菌的感染。