临床上造成婴儿鹅口疮的真菌为白色念珠菌，又称白假丝酵母菌，它属于一种条件致病菌，本属于人体正常菌群成员之一，在阴道、上呼吸道、口腔中均有存在。
当机体抵抗力降低或长期大量使用抗生素，引起正常菌群失调时，才会转变为致病菌，黏附在口腔黏膜上皮，侵袭角质细胞，最终导致患者发生口腔念珠菌病。此外，胃肠功能紊乱、体内缺乏维生素A、血清中缺乏锌离子等，口腔黏膜抵抗力较低，引起口腔念珠菌病。