先天性眼睑缺损是主要是由于胎儿时期母亲护理不当，以及家族遗传导致，所以其预防需要集中在避免有该病的胎儿出生，以及母亲孕期的一些措施，如注意避免辐射，避免服用致畸药物等。
预防先天性眼睑缺损胎儿的出生，首先需要夫妻双方在婚前进行婚检，排查遗传疾病，若有一方伴侣有遗传可能性，可以尝试试管受孕。若怀孕后应定期做产检，在孕期中做好预防措施，在怀孕前进行注意避免辐射，同时避免服用致畸药物，定时检测胎心。