肥厚型心肌病手术主要适用于1.经药物治疗无改善，仍有明显的胸痛、呼吸困难、防颤的病人；2.心功能不全患者，NYHA分级在3~4级的病人；3.存在严重的流出道梗阻（静息或运动时流出道压力阶差大于50㎜Hg）的患者。这种情况手术治疗主要是行室间隔切除术，将肥厚的心肌切除，解除梗阻，改善心功能。对于二尖瓣严重关闭不全的患者，应行二尖瓣置换术。