当患者患有腱鞘囊肿时，可以首先选择保守方法进行治疗，比如按摩、热敷，这两种方法有助于促进囊肿部位的血液循环，消除肿胀的现象。在进行热敷的过程中热敷温度不应太高，否则会烫伤皮肤。当保守方法治疗效果不明显时，可以选择手术方法彻底切除。
虽然手术可以将腱鞘囊肿切除，但是很容易复发，所以在切除后应该密切观察患有腱鞘囊肿的部位是否出现了复发的先兆。除了这两种方法，还可以选择一些其他方法治疗腱鞘囊肿，比如用手按压或者挤压，将囊肿部位挤破，这种方法并不适用于所有患者，患者需要根据自身的情况来选择合适的治疗方法。