灰指甲是由于真菌感染引起，所以治疗灰指甲，主要是采取抗真菌的药物来进行治疗。可以根据灰指甲的严重程度，使用外涂药物和内服药物来进行治疗。
如果症状比较轻微，损伤比较小、灰指甲个数也比较少，可以首先采取外涂药物的治疗方法，比如可以外涂盐酸阿莫罗芬搽剂，这个药使用比较方便，也可以外涂醋酸溶液进行治疗。在使用药物之前，最好使用修甲的工具，把灰指甲尽量锉薄一点，然后再涂药治疗效果比较好。
如果灰指甲比较严重，除了使用这些外用的药物，还可以配合口服药物来进行治疗，比如伊曲康唑胶囊，吃的时候要和食物一起吃，效果才能比较好，吃一个星期停三个星期是1个疗程，一般需要3-5个疗程的治疗才可以。