发生了中枢神经系统感染，首先要明确属于哪种病原微生物导致的。常见的病原微生物包括病毒、细菌、真菌、螺旋体、寄生虫、立克次体等。
临床上需要根据感染的类型，针对性抗病原微生物治疗。最常见的是病毒性脑炎，其中以单纯疱疹病毒性脑炎最为常见。需要抗病毒治疗，一般应用阿昔洛伟或者更昔洛韦抗病毒治疗，也可以采用免疫治疗，比如使用干扰素或转移因子。
当合并细菌或真菌感染时，应根据药敏结果采用适当的抗生素或抗真菌治疗。