如果输尿管肿瘤处在早期阶段，根治性的手术切除是最有效的治疗办法。在手术之后还可以根据病理回报的结果，进行术后的辅助化疗，通过手术和术后辅助化疗的综合应用，能够进一步延缓输尿管肿瘤术后的复发，延长病人的生存期。
如果早期的输尿管肿瘤在治疗之后，出现复发和转移的情况，或者是诊断的时候就属于晚期的输尿管肿瘤，常常已经失去了手术治疗的机会，只能采用全身化疗的治疗手段，来控制病情的发展。近年来随着免疫医学的进步，一部分晚期输尿管肿瘤，可以采用免疫治疗的手段来控制病情的发展，延长病人的生存期。