肾脓肿是由于致病菌、尿路感染、感染等原因引起。
1、致病菌：主要为大肠杆菌和其他肠杆菌及革兰阳性细菌，如副大肠杆菌、变形杆菌、粪链球菌、葡萄球菌、产碱杆菌、绿脓杆菌等。极少数为真菌、病毒、原虫等致病菌。
2、尿路感染：尿路多由尿道进入膀胱，上行感染经输尿管达肾。尿路梗阻、膀胱输尿管反流及尿潴留等情况，可以造成继发性肾盂肾炎。
3、感染：由血行感染播散到肾，其他部位感染，如皮肤感染、肺部感染，感染源入血，播散到肾。