生殖细胞瘤的治疗由于年龄和部位均差异较大，故治疗应充分考虑患者年龄、肿瘤的部位及大小等因素，如对于早期良性生殖细胞瘤可采取手术切除的方式，必要时行淋巴结清扫；对于颅内生殖细胞瘤采取手术时损伤大，肿瘤易扩散，并发症发生率和病死率高，可采取手术联合化疗。
一、药物治疗
联合应用化疗可以延长缓解期并能减少放射治疗剂量，化疗药物，如顺铂、博来霉素、异环磷酰胺，但存在口腔黏膜溃疡、静脉炎，以及肝肾毒性等不良反应。
二、手术治疗
手术治疗的目的为明确病理诊断、降低颅内压和解除神经压迫，术后辅助放射治疗和化疗。合并脑积水、颅内压增高的病人，可先行脑室引流或分流手术。
三、放射治疗
放射治疗较敏感，最低放射剂量15Gy可见生殖细胞瘤消退。全脑和脊髓照射对肿瘤播散有预防作用。