先天性房间隔缺损根据缺损大小的不同，肺动脉压力的高低，合并其他疾病的情况不同，治疗方法不同。小于5mm的房间隔损伤如果没有反复腔隙性脑梗的病史，就可以不用治疗，一般也不会引起肺动脉压力的增高，或者心脏结构的改变，刚出生的小孩如果有小于5mm的房间隔缺损，在成长的过程中有一部分会愈合。大于5mm的一般需要治疗，尤其当合并肺动脉压力增高或者右心结构改变的时候，就需要尽快手术。手术方式目前有微创封堵术和体外循环下开胸手术两种。封堵术有X线下导管经股静脉入路的封堵术，和心脏彩超引导6下胸部小切口封堵术两种，但房间隔缺损过大或者与各瓣膜或上下腔静脉距离太近都无法行封堵术。而体外循环下开胸手术也有正中开胸和侧开胸两种方式。手术方式的选择与病人病情及手术大夫的习惯均有关系。