肛瘘癌变的概率很低，肛瘘癌变在临床上十分少见，所以患者大可不必过分紧张。肛瘘和癌没有直接关系，肛瘘不是癌症的前期病变。肛周脓肿切开引流术或者自行破溃，脓液溢出之后，急性炎症变成慢性炎症，长期反复感染、破溃、肉芽组织增生形成窦道，会形成内口、瘘管、外口组成的肛瘘。
肛瘘的症状为外口反复破溃、溢脓、溢液，可能是由于长期的炎症刺激或者瘢痕组织变异，慢性肛瘘确实有癌变的病例，但在临床上十分少见，癌变的概率很低。这么说并不等于肛瘘就是小毛病，就可以不重视，肛瘘的危害很明显，特别是反复发作的患者，单纯肛瘘有可能发展为复杂肛瘘，而且尽管概率很低，毕竟还是有可能癌变。目前来讲，手术治疗是根治肛瘘的最可靠、最有效的方法。在诊断明确之后都要通过手术的方法进行治疗，而且越早越好。