子宫内膜异位症最佳的辅助检查方法有以下几种：
一、子宫附件超声检查。通过子宫附件超声可以观察到子宫内膜异位病灶的异位部位，并且可以测量出异位病灶的大小、囊内液的初步影像学情况。
二、需要进行妇科内诊，对于子宫内膜异位症妇科内诊也是必不可少的检查项目。通过妇科内诊可以观察到子宫内膜异位病灶的部位、活动度，与周围组织之间的关系，来进一步的评估下一步的治疗。
三、必要的时候还需要进行盆腔磁共振、卵巢肿瘤标志物等相关检查，来协助诊断以及评估治疗方法。