医源性胆管损伤的原因比较复杂，一个是病人胆管先天性解剖变异，或病人为疾病状态。如各种原因引起胆囊炎症的反复发作，局部组织粘连，解剖关系不清。另一个是在胆道疾病手术过程中，手术操作者技术不熟练或操作不当等可引起胆管损伤。
1、病人角度：
（1）先天性解剖变异：这里的解剖变异是指胆管变异和动脉变异，胆囊管变异包括走向变异、汇入位置变异等。对于经验不够丰富的外科医师而言，胆管的变异难以正确识别，往往直接引起胆管的损伤。动脉变异常见于肝右动脉或副肝右动脉与胆囊管平行，这种情况下变异血管易被误伤出血。进而导致手术视野模糊，最终造成胆管损伤。在急诊手术情况下，一些相对少见的解剖变异更易引发胆管损伤。
（2）病人的疾病状态：如急性或慢性胆囊炎、化脓性坏疽性胆囊炎、长期反复发作胆囊纤维化、瓷样胆囊、病人过度肥胖、既往手术史的病例等。常因胆囊周围炎性水肿、腹腔粘连、胆囊三角难以分离清楚而损伤胆管。胃肠道等腹部恶性肿瘤导致局部粘连、牵拉，胆管和(或)血管的正常解剖被迫发生改变，术中若强行分离、切除或操作不当，也会损伤胆管。
2、医生角度：手术者临床经验不足是医源性胆管损伤的一个重要原因，腹腔镜下胆囊切除是手术者引起医源性胆管损伤的主要来源。大多数胆管损伤发生在外科医生刚开展腹腔镜手术时，且前50例发生胆管损伤的发生率高达20%。另有研究表明腹腔镜下胆囊切除所致胆管损伤也会发生于该术式的开展多于200例的手术者，这也反映了腹腔镜手术熟练的医生轻视了该术式可能导致的不良后果，从而引起胆管损伤的发生。此外，手术中出血、手术视野模糊、术者对解剖结构判断不清、术者对胆管区域解剖的错误认识、术者不能识别胆道系统的变异，术中对胆道造影的错误判断、手术过程中暴力操作，手术器械的使用不当等均可导致手术意外而造成胆管的损伤。