第一鳃裂瘘管伴有耳内流脓，第二、三、四鳃裂瘘管在胸锁乳突肌前缘中1/3和下1/3处有外瘘口，扁桃体窝、食管上端有内瘘口，沿外瘘口向上触诊，可触及有坚实条索状物。
1、第一鳃裂瘘管：
（1）瘘管症状：这些病变的外口常在耳周区域或外听道的骨与软骨交界区，或者在胸锁乳突肌前缘近下颌角处。第一鳃裂发育异常可能会涉及外耳道从中鼓室到耳屏、对耳屏连接点之间的任何一个位置。窦道开口于外耳道的患者常反复发作，间断性脓性耳漏，也可能出现豆腐渣样的耵聍块或者外耳道炎，涉及鼓膜的患者会有听力下降的表现。
（2）颈部表现：包括下颌角处点状凹陷，压迫这一区域可有细丝状的清亮物质出现。在感染期间可出现流脓和颌下腺炎；位于鳃腺下区或乳突区小的孤立的肿块常常在感染期间迅速增大而被发现。
2、第二及第三鳃裂瘘管：临床表现无差别，主要表现为颈部或咽部常有间歇性肿痛或胀痛，外瘘口持续或间歇性有分泌物溢出，咽部检查可局部突起或饱满，颈部窦道分泌物溢出，继发感染时可出现颈部压痛性肿块，瘘口周围红肿，且常反复发作。
3、第四鳃裂瘘管：在胸锁乳突肌前缘有瘘口，有时瘘口很细，细如针尖或小凸陷，该处常有少许分泌物，病人常觉口内有臭味。