1、原发性小肠吸收不良综合征：小肠黏膜(吸收细胞)有某种缺陷或异常，影响营养物质经黏膜上皮细胞吸收、转运，包括乳糜泻和热带口炎性乳糜泻等。
2、继发性小肠吸收不良综合征：
（1）消化不良：胰酶缺乏如慢性胰腺炎、胰腺癌、胰腺纤维囊肿、胰腺结石、原发性胰腺萎缩等；胆盐缺乏如肝实质弥漫性损害、胆道梗阻、胆汁淤积性肝硬化、肝内胆汁淤积症、回肠切除、肠内细菌过度繁殖(肠污染综合征)；肠黏膜酶缺乏如先天性乳糖酶缺乏症。
（2）吸收不良：小肠吸收面积不足，如小肠切除过多(短肠综合征)、胃结肠瘘、不适当的胃肠吻合术，空肠结肠瘘等；小肠黏膜病变如小肠炎症，包括感染性、放射性、药物性新霉素秋水仙素等)；寄生虫病如贾弟虫病、圆线虫病等；肠壁浸润病变如淋巴瘤、结核病、克隆病、whipple病等；小肠运动障碍、动力过速，如甲状腺功能亢进等；影响小肠吸收时间、动力过缓，如假性小肠梗阻、系统性硬皮病，导致小肠细菌过度生长；淋巴血流障碍如淋巴发育不良、淋巴管梗阻(外伤、肿瘤、结核等)、血液循环障碍(门脉高压症、充血性心力衰竭)。