肺部感染治疗不应该难，难就难在肺部感染致病菌，如何能够被正确地判断。如果可以正确地判断分析，导致肺部感染的致病菌，通常正确地选择抗生素，大多数肺部感染，都可以达到临床治愈。
在肺部感染治疗的过程中，最难的是病原菌的判断。鉴于致病菌，很多致病菌无法分离，如病毒、衣原体、支原体。这些病原菌和病毒通常很难分离，真菌感染也比较难以分离。由于真正的致病菌无法分离，查到的致病菌未必是真正的致病菌。这是导致肺部感染难以治疗，难以得到控制，非常难的一个环节。