急性甲状腺炎是由细菌、病毒、真菌等感染所致的急性化脓性炎症。治疗上应支持治疗，加强营养、注意休息，有高热的要补液及降温治疗，同时经验性使用抗生素治疗，做病源处穿刺，将穿刺物做菌培养和药物敏感试验，再根据药敏试验结果选择抗生素抗炎治疗。
急性甲状腺炎合并基础疾病或免疫缺陷的患者，抗炎疗程要长，需抗炎2-3周，同时治疗基础疾病，提高身体抵抗力，促进急性甲状腺炎的愈合速度，有甲状腺脓肿形成的需手术切开脓肿排脓治疗。通过检查发现有梨状窝瘘管形成的患者，要手术切除瘘管，防止感染复发。