女性的阴道有自我保护的机制，正常情况下阴道有正常的菌群环境，菌群环境对于阴道的正常环境的保护起到很大作用。冲洗阴道往往会导致阴道内正常菌群的环境被破坏，频繁的冲洗阴道，阴道内的pH值环境会有所改变，原有的正常的乳酸杆菌也会受到破坏。因此反而会造成阴道的不良菌群的异常增生，造成阴道的炎症，所以正常情况下不建议进行阴道冲洗。
正常阴道内的菌群是以乳酸杆菌作为优势菌群，因此有时候会闻到分泌物有一点点酸味，乳酸杆菌在阴道内的大量繁殖会抑制其他不良菌群的生长，所以正常情况下不容易患阴道炎。只有当身体的抵抗力下降或者由于女性身处特殊的时期，比如在妊娠期或者在月经前后，这时阴道的pH值环境有所改变，阴道的菌群环境也会出现一些变化，所以有可能导致阴道内原来的寄生菌群出现异常的增生。