目前为止还没有药物能够治愈生殖器疱疹，它在临床上最大的特点就是高频率的复发，通常以1-4周为间期，频率极高。
生殖器疱疹的患者主要的临床症状就是龟头表面或者包皮表面有水疱样的破损，还会伴有全身的症状，比如低烧、头痛、乏力、周身肌肉酸痛。
所以针对生殖器疱疹的治疗包括积极的防止复发，还要针对现有症状积极治疗，要防止疾病传播，通常选用阿昔洛韦、泛昔洛韦、喷昔洛韦等抗病毒的药物。
还可以选择干扰素治疗，干扰素可以抑制病毒复制，延长发病时间，建议病人使用这些药物的过程中谨遵医嘱或者详细的查看说明书。
还可以使用中草药进行辅助治疗，包括抗病毒作用的中草药，都有延缓生殖器疱疹发作的作用。
生殖器疱疹的复发往往和患者自身的不良习惯有关，比如饮酒、吸烟、熬夜都会诱发疱疹复发，所以尽可能避免这些不利因素也有利于生殖器疱疹的治疗。