先天性青光眼属于先天性疾病，目前尚无法做到有效预防。如果发现患儿眼部异常，应尽早就诊，早期诊断和治疗，能有效地改善和保护患儿的视觉功能。
（1）婴幼儿型青光眼的发病与遗传因素有关，故孕妇在孕期应尽量避免服用药物，接受电离辐射，以减少基因突变的概率，减少先天性青光眼的发生。
（2）青少年型青光眼的发病亦与遗传相关，对于有家族性青光眼的人群，应定期进行眼部检查，以便早期发现、早期治疗。