食管穿孔的治疗需要根据病情程度选择合适的方式，对于轻症患者可以选择保守治疗，辅助药物治疗。对于重症患者需要及时手术治疗。多数患者的治疗周期为6~8周。
一、一般治疗
1、颈部食管穿孔者需禁食，联合使用广谱抗生素控制感染，给予甲硝唑防止厌氧菌感染，同时给予静脉营养支持，小的穿孔多可愈合。
2、胸段食管穿孔瘘口较小、污染不重(如器械引起的穿孔)的穿孔患者，可采用保守治疗，包括及时放置胸腔闭式引流，保持引流通畅；联合运用有效抗生素控制感染；给予患者静脉营养改善患者营养状况，促进愈合。一般小瘘口经上述治疗后多可愈合。
3、腹段食管穿孔多因急腹症表现而剖腹探查明确诊断，经修补和引流后，多可痊愈。
4、支持疗法：全胃肠外营养,维持水、电解质、热量平衡，加强营养支持，输入氨基酸、清蛋白、血浆及全血或通过胃或空肠造口术饲食。
二、药物治疗
1、青霉素：属于广谱抗生素，对多数细菌有较强的杀菌作用，主要用于预防食管穿孔的感染，主要通过静脉注射，每次用药前均需试敏，避免出现过敏的不良反应。
2、头孢克肟：主要用于预防食管穿孔的感染。属于头孢菌素类抗生素，具有广谱抗菌作用，适应范围广，对细菌有很好的杀伤作用。不良反应不常发生，即使发生，也较温和且短暂。
三、手术治疗
1、食管置管术：若颈部肿胀明显，并有波动感、颈部有皮下气肿或上纵隔脓肿形成者，经颈部切口上纵隔脓肿引流并取出异物是较常采用的治疗方法。
2、食管穿孔修补术：食管穿孔在12小时内应争取直接修补。手术一般取后外侧切口进胸，吸净污染物后多可于食管床发现破口。切开破口上下的纵隔胸膜，再切开食管肌层，显露破裂的食管黏膜。修剪穿孔的黏膜后，尽量争取黏膜间断横缝，再缝合肌层，最后用胸膜瓣或带血管蒂肌瓣覆盖缝合处。也有学者主张用带蒂胸膜瓣包绕破口。对延误诊断者必须予以胸腔引流，抗生素治疗以控制感染。并且维持营养和水、电解质平衡，然后再予以必要的手术治疗。
3、食管旷置术：一般较少采用。主要适用于消化道内容物大量破入胸腔、感染非常严重难以控制，而患者一般情况差不能耐受修补术者或穿孔修补失败又没有条件再行修补者。手术方法为经后外侧切口迸胸清除污染物，切除病变食管，颈部食管外置。同时作胃或空肠造瘘维持营养。待毒血症控制、一般情况改善后，再作食管重建术。再次手术一般需间隔6～8周。