急性肾盂肾炎治疗的目的主要是控制和预防败血症，清除进入泌尿道的致病菌，防止复发。宜采用静脉给予抗生素，可选用青霉素类或头孢类抗生素，必要时可以联合用药。
如果病情好转，可以在患者退热后继续静脉用药3天以后改为口服抗生素，以完成两周的疗程。
如果效果不佳，应该按照培养的细菌的药物敏感试验来更换抗生素，有复杂因素的肾盂肾炎，其致病菌多为耐药性，也应该按照药敏试验选用抗生素。
复杂性肾盂肾炎易于发生革兰阴性杆菌败血症，应联合使用两种或两种以上抗生素静脉治疗。在用药期间应每1-2周做尿培养，以观察尿中的细菌是否转阴。
如果治疗仍持续发热者，应该注意有没有发生并发症，如肾盂积脓、肾周脓肿等，应及时进行肾脏B超检查。
症状轻微的可先给予口服抗生素治疗，效果不佳应改为静脉给药。在治疗结束以后，停药1-2个月内应该随访尿检和病原菌检查2-3次。