新生儿由于肠道防御功能不完善，易受多种细菌、病毒、真菌及寄生虫感染，在喂养不卫生时，感染源由消化道进入，从而引发新生儿肠炎。
一、主要病因
1、自身因素：新生儿机体防御系统不完善，容易受到细菌、病毒、真菌及寄生虫等微生物的感染，导致疾病的发生。
2、环境因素：此原因导致的发病多见于人工喂养的患儿，人工喂养时，奶瓶、奶具等新生儿用品消毒不完全，导致细菌、病毒、真菌及寄生虫等微生物通过消化道进入，引发疾病。
二、诱发因素
新生儿自身免疫功能发育不成熟，极易受到各种因素的影响，如感染、抗生素的使用等，导致肠道微生态紊乱，诱发新生儿肠炎的发生。