纳尔逊综合征的主要症状是皮肤黏膜的色素沉着，色素沉着多呈进行性加重，且不会因补充皮质激素而消退。其次是颅内占位表现，包括头痛、恶心呕吐、视力减退、视野缺损、眼睑下垂等。
1、皮肤黏膜色素沉着：逐渐加重的皮肤黏膜色素沉着是纳尔逊综合征最典型的临床表现，也是最早期的表现。色素沉着在肢体皮肤皱褶处更明显，常见于颜面、手背、乳晕、腋窝、甲床及手术瘢痕等处皮肤，嘴唇、齿龈、舌缘、口腔、外阴等处黏膜也会出现色素沉着，有时在指甲上可见纵行的黑色条纹。这种色素沉着多呈缓慢地进行性加重，且不会因补给皮质激素而消退。
2、颅内占位的症状：肿瘤增大占据颅腔内空间，导致周围组织和神经受到压迫，引起一系列的神经症状、身体症状以及颅内压增高。可以表现为头痛、视神经受压所致视力减退、眼睑下垂、视野缩小、颅内压增高引起的眼底视盘水肿和视神经萎缩。