儿童军团病肾病的治疗主要是针对病原菌和肾脏损害治疗，针对病原菌抗生素治疗一般两周左右，肾脏损害需要根据病情严重程度决定治疗时间，病情严重者可行替代治疗。
一、药物治疗
1、红霉素：红霉素为治疗儿童军团病肾病的首选药。对轻、中度的免疫正常的儿童可以口服，口服效果欠佳者建议予静脉滴注。一般用药疗程需满3周，否则有复发或恢复期延长的可能。红霉素疗效不佳可加用利福平、甲氧苄啶。
2、糖皮质激素：适于病情严重、出现肾衰者，是首选药物，常用甲泼尼龙静脉滴注，用药期间注意内分泌紊乱、脂代谢紊乱、骨质疏松等不良反应。
3、免疫抑制剂：常用环磷酰胺、硫唑嘌呤，需注意其骨髓抑制及肝脏损伤等不良反应。吗替麦考酚酯疗效肯定，不良反应较轻，已被广泛应用于肾病治疗。
4、对症药物治疗：由于本病会引起多器官损害，初期时是肺脏，在之后时肾脏和心脏，因此对症和支持疗法为重要的治疗措施，通过应用强心药、利尿剂，保护肾功能、缓解患儿心肺功能有重要作用，强心药常用药品为地高辛，利尿剂常用药品为呋塞米。
二、手术治疗
本病无需手术治疗。
三、其他治疗
如果患者肾功能急剧恶化达到透析指征时，应尽早进行透析治疗(包括血液透析或腹膜透析)，以维持生命，赢得治疗时间。如果疾病已进入不可逆性终末期肾衰竭，则应予病人长期维持透析治疗或肾移植。