隐球菌病的并发症有急性呼吸窘迫、中枢神经系统受损等。
1、急性呼吸窘迫：部分艾滋病患者肺部新型隐球菌病呈现暴发性经过，可并发急性呼吸窘迫。
2、中枢神经系统受损症状：中枢神经系统新型隐球菌病可并发脑积水、听力和视力降低或丧失、性格改变和痴呆等。
3、截瘫：累及胸椎和腰椎的新型隐球菌病可并发截瘫等症状。