儿童过敏性结膜炎根据过敏原、发病机理不同，一般分为两大类。
1、儿童速发型过敏性结膜炎：其发生与免疫球蛋白IgE介导有关，过敏原进入机体，诱导B淋巴细胞产生IgE抗体，IgE与肥大细胞等结合。再次接触相同的抗原，抗原与IgE肥大细胞结合，使肥大细胞释放炎性介质，导致一系列过敏症状和体征。花粉、隐形眼镜及其清洗液等可诱发此类过敏反应。
2、儿童迟发型过敏性结膜炎：其发生由T淋巴细胞介导，该反应进程比较迟缓，一般于再次接触抗原后48～72小时发生，其迟发的原因是体内致敏T淋巴细胞再次与相应抗原接触而被激活并且产生淋巴因子以及足够多的单核细胞汇聚炎症区域均需要一定时间。