健康证不合格的原因有以下几个方面，有可能是因为肝功能异常，谷丙转氨酶升高两倍以上，需要进行保肝抗炎治疗，同时完善甲肝，抗体乙肝五项，丙肝抗体，戊肝抗体的检查，排除病毒性肝炎。有可能是因为胸部正侧位片检查有结核存在，需要进一步明确检查。有可能是因为大便常规，细菌培养查出伤寒杆菌、副伤寒杆菌等肠道传染性疾病病菌。