咽异感症产生的机理较为复杂，致病因素繁多，有些因素容易被发现，如细菌、寄生虫等生物因素，冷热、电流、气压等物理因素以及机械损伤和化学因素等。此外，精神因素也可引起本病，如情绪波动及长期过度紧张、疲劳等所引起的神经官能症，有时器质性疾病与精神因素同时存在，构成复杂的病因。
一、主要病因
1、咽部疾病：各种类型的咽炎，扁桃体的病变如慢性炎症、角化症、囊肿、结石、脓肿和瘢痕，咽囊炎，鼻咽、口咽及喉咽的异物、瘢痕和肿瘤，咽后壁淋巴滤泡增生，会厌囊肿，舌扁桃体肥大，舌根部的肿瘤，异位舌甲状腺等。
2、咽邻近器官的疾病：茎突过长，甲状软骨上角过长，舌骨与甲状软骨假关节形成，翼突钩过长，咽旁间隙和颈部肿块，颈部瘘管及淋巴结炎，颈综合征(由颈部骨质及周围软组织病变引起)，喉部疾病(如慢性喉炎、早期喉癌、一侧声带麻痹、喉部良性肿瘤等)，牙龈炎，龋齿，慢性外耳道炎，慢性中耳炎，甲状舌管囊肿，甲状腺疾病(如甲状腺肿、炎症及肿瘤等)，原发性口腔干燥症等。
3、远离器官的疾病：消化道疾病(如胃及十二指肠溃疡病、幽门痉挛、胃恶性肿瘤、胆道蛔虫病、看症等)，心血管系统疾病(如左室肥大、高血压性心脏病、心包积液、主动脉瘤等)，肺部疾病(气管和支气管炎、肺肿瘤和脓肿、肺炎等)，膈疝、屈光不正等。
4、全身因素：严重的缺铁性贫血，自主神经功能失调，消化不良，风湿病，痛风，重症肌无力，长期的慢性刺激(如烟、酒、粉尘和化学药物等)，甲状腺功能减退，更年期内分泌失调等。
5、精神因素知功能性疾病：咽喉、气管、食管和颈部的各项临床检查均排除了器质性病变，咽部却有异常感觉主要由大脑功能失调引起，常伴有焦感、急躁和紧张情绪。某些神经症和精神病如各种忧郁症、心因性反应症、症状性精神病、周期性精神粉精神障碍等，早期可导致某些器官功能改变而诱发本病。
二、诱发因素
1、慢性支气管炎、支气管哮喘、风湿病、肝、肾疾病等可诱发咽部异感症。
2、内分泌紊乱、自主神经失调、维生素缺乏及免疫功能紊乱等也可导致咽部异感症。