小儿肝母细胞瘤目前病因并不明确，但一般认为与胚胎结缔组织的异常发育有关，其多见于三岁以下婴幼儿。
1、胚胎发育时期的肝脏细胞发生异常增生与分化：患儿在胚胎发育过程中，肝脏细胞未成熟的肝脏胚胎性组织发生异常的持续性增生，形成发育幼稚的组织块，继而转化为恶性的母细胞瘤。
2、基因突变：病毒、药物、辐射等因素均有可能刺激人体导致胎儿肝母细胞发生基因突变，继而出现该病。