巧克力囊肿有可能会影响怀孕，因为巧克力囊肿的主要病理是子宫内膜异位，由于反复的月经期出血，形成了巧克力囊肿。巧克力囊肿可以比较大，可能会压迫卵巢或者周围组织，也可以压迫输卵管，所以是有可能会影响怀孕的。如果巧克力囊肿比较大，临床不容易怀孕，可以考虑做巧克力囊肿手术的。如果巧克力囊肿比较小，一般对怀孕影响并不是很大，可以积极备孕观察看看。