肾结石主要是和胆囊炎等胆系感染、急性阑尾炎以及肾脏的囊肿肿瘤等疾病进行鉴别，具体如下：
首先，肾结石的疼痛发作不一样，可以是锐痛、绞痛，也可以是肾区的隐痛胀痛等，所以肾结石的鉴别也比较复杂。如果疼痛比较严重，一定要注意和胆囊炎进行鉴别。
其次，有些肾脏的肾结石的疼痛会在腹部疼痛甚至向会阴部放射，这个时候也要注意和急性阑尾炎进行鉴别。
最后，有些病人会出现这种肾结石，以隐痛、胀痛为主，这个时候要考虑和肾囊肿、肾肿瘤甚至是慢性肾盂肾炎等进行鉴别。