输入袢综合征的主要病因与输入袢长度异常、手术吻合口狭窄、合并其他疾病等因素有关，好发于毕Ⅱ式胃大切术后患者。输入袢综合征目前尚未明确有其他诱发因素。
1、输入袢长度异常：当输入袢过长可出现扭转的症状，扩张的结肠对输入袢有压迫作用。当输入袢过短会对肠道有牵拉作用，导致肠腔变窄。
2、手术吻合口狭窄：当手术吻合口愈后出现斑痕会使吻合口狭窄出现输入袢综合征，此外，术后黏连导致的输入袢狭窄也是主要致病原因。
3、合并其他疾病：如胃肠套叠、残胃癌、肠道息肉、肠道结石等疾病都可能导致输入袢部位狭窄致病。