脑囊虫病的确诊方法需综合流行病学、临床表现及实验室检查等多种方法，对于曾居住在流行病区，有绦虫史或者使用生猪肉史的患者，同时合并有癫痫、颅内压升高、精神障碍等临床表现时应给予临床怀疑诊断。
如果有皮下结节或粪便中发现虫卵，可提示诊断，血清或脑脊液囊虫抗体试验阳性、头颅CT或磁共振有特征性的改变则能确定诊断。
在诊断的同时需和其他一些疾病相鉴别，如与脑肿瘤、蛛网膜囊肿、各种脑膜炎相鉴别。