尿液分叉最根本的原因是尿流在排出尿道的途经中，受到了阻挡或者阻碍，引起了流体力学的变化，因此就出现了分叉。最常见的原因是男性的前列腺疾病，例如前列腺增生、肥大或者慢性前列腺炎的前列腺肿大，这时候会压迫后尿道，导致尿道变成了狭缝样，尿液冲出尿道口时就形成了分叉。引起尿液分叉的疾病还有尿道结石的不完全梗阻，以及各种原因引起的尿道狭窄、女性尿道肉阜、尿道息肉等。