目前并不能确定发病原因，可能相关因素有吸烟、病毒感染、肺实质损伤、职业因素等。吸烟人群，既往有肺实质损伤者更易好发此疾病。
一、主要病因
1、吸烟：细支气管肺泡癌与吸烟关系目前尚存在争议，有些人调查发现细支气管肺泡癌60%为吸烟者，40%为非吸烟者。另一些人却发现细支气管肺泡癌大多数发生于女性和非吸烟者。
2、病毒感染：南非羊肺炎逆转录病毒所致羊肺腺瘤与人类细支气管肺泡癌有很多相似之处，已证明该病由逆转录病毒介导，在羊与羊之间传播，但目前尚无羊到人病毒感染的报道。
3、肺实质损伤：出现肺部感染或各种原因引起的肺纤维化。
4、职业因素：从事建筑、航运、汽车货运、木材的工人及蔗糖农场主发生细支气管肺泡癌的几率较高，但目前尚不能确定这些职业与细支气管肺泡癌的关系。
二、诱发因素
既往有肺实质损伤者吸烟、呼吸道感染导致病情进展恶化，长期呼吸道刺激等。